【最終回】
最終回 あらすじ 12月23日 午後9時～放送（フジテレビ系）
航太（松田翔太）は、海診丸のみんなに挨拶もせずに船を降りていた。日内（荒川良々）は、航太を解雇したことでほかのスタッフに責められていた。
副理事長の支持だと知った眞子（武井咲）は、副理事長と直接話をさせて欲しいと言い出すが、航太は海診丸の存続のために立ち去り守ってくれたのだと日内は話す。
そんな中、副理事長の藤井真希（高橋ひとみ）が視察にやってきた。海診丸を続けるかどうか次の理事会で審議にかけるという。
航太を解雇したのも人件費削減のためかと昇（福士蒼汰）が聞くと、航太の女性関係を持ち出し、医師としての自覚が足りないと藤井は話した。
眞子は、航太から助けられた患者が多数いると話し、人件費を削減したいなら自分が代わりに降りると言い出すが、「あなた一人でどうこうできる問題じゃない」と言われてしまう。
航太は何度電話をかけても連絡がつかなかった。
その頃航太は、眞子に憧れ、将来は海診丸で看護師として働きたいという中澤歩（須田琥珀）という少女とその祖父・典夫（中丸新将）の家で診察を行っていた。
奥さんを亡くし、二人で写った唯一の写真を見ながら、いるのが当たり前でありがとうも言えなかったと寂しそうに典夫は話していた。その日は命日で、大勢の人が集まり騒いでいた。そうやって人が集まってきてくれるのも妻のおかげだと典夫は言った。
眞子は薬を届けに出ていた。そのおばあちゃんは指を怪我していたが、先生に診てもらったという。それが航太だと眞子は気づく。
典夫は、年末に歩の両親が来るまでゆっくりしていってくれと申し出るが、そこに航太の母、玲子（麻生祐未）がやっている小料理屋の常連客から航太に電話が入る。
母親が倒れたという知らせだった。それを聞いた航太は、母の元へ行くため典夫の家を後にした。
葵（藤原紀香）たちスタッフは全員、航太の契約を継続しないなら船を降りると言い出す。日内までもが降りると伝えた。すると藤井は退職願を受取り、全員降りなさいと言う。
典夫は友人に酒を買ってきてくれるよう頼み、自分は部屋で休むことにした。部屋へ移動する際、仏壇のローソクの火が倒れてしまう。
眞子は島の人たちが大慌てしている様子を見て、何があったのかと訪ね、典夫の家が火事だと知る。
海診丸のスタッフたちが、どうやって藤井に許してもらうか話し合っていたところに、典夫の家が火事だという電話が入る。
眞子は、家の中に取り残されている典夫を助けるため、火の中に飛び込んでいく。寝室で典夫を見つけるが、煙を吸っているため典夫の意識は朦朧とし、自分で歩ける状態ではなかった。
天井が次々落ちてきて、あっという間に周りは火で包まれた。そこに助けに来た人がいた。眞子がそちらを見てみるとそれは航太だった。
航太のおかげで無事に家の外へ出ることが出来たが、航太は再び家の中に入っていった。航太が家に入ったあと、火の勢いは更に増した。それを見て眞子が泣きじゃくっていると、反対方向から航太が歩いてきた。眞子は安心して思わず航太に抱きついた。
海診丸は、運ばれてきた多くの患者の処置に追われていた。典夫に付き添って航太もやってくる。処置をしようとする航太に、藤井は、部外者に処置をされたら困ると言い出すが、「どこの誰かは関係ない。私たちの使命は人の命を救うこと」葵はそう言うと航太を処置室に入れた。
人手が足りず、船長の海藤（寺島進）たちや眞子に憧れる歩も一生懸命手伝った。
みんなが必死で処置をしているのを見ていた藤井は、自分も手伝いだす。
ようやく処置が終わり、救急隊を待つ間、航太は典夫に奥さんとの写真を渡した。航太が再び火の中に飛び込んでいったのは、それを取りに行くためだったのだ。
眞子は助けてくれたお礼を航太に伝えた。
海診丸のスタッフはみんな航太のことを引き止めるが、母親が倒れたことを話し、北海道に戻ると告げた。スタッフそれぞれにお礼を言うと、航太は出て行った。
日内を呼び出した藤井は、患者さんからありがとうなんていわれたのは久しぶりだったと話し、次の理事会での審議は見送るが、予算は守るようにと告げて船を降りた。
眞子は、航太と行くはずだったクリスマスクルーズのチケットを宝箱にしまおうとしていた。そこには航太からもらったいろんなものが入っていた。一つ一つ手に取り、航太とのことを思い出して微笑んだ。
航太が忘れていった携帯電話に、母親の店の常連客から電話が入る。その電話を受けたスタッフはみんな航太のことを心配していた。
航太が北海道へ帰ると、母の店は営業していた。驚いて中へ入ると、常連客から「詳しい事情を聞く前に電話をしてしまって申し訳ない」と謝られる。中から出てきた玲子は、航太を見ると、ずっと話さきゃいけないと思っていたんだけど…と言いにくそうに話し出した。
息子としても医者としても何でもするからと航太は言う。そんな航太に玲子は、妊娠したと明かした。
相手の男性に「玲子さんを僕にください」と言われた航太は、お願いしますと頭を下げた。
倒れたのは病気ではなく、ただつわりが酷かっただけだった。病気だとばかり思っていた航太は驚きながらも、ほっとするものの、頭の中を整理したいと乾杯だけして店を出た。
歩いていると反対側から眞子が歩いてきた。忘れた携帯を届けにきたのだ。みんなが待ってるから一緒に帰ろうと言い、二人で海診丸へ戻った。
真っ暗な海診丸を見て、みんな寝てしまったと航太が思っていると、クラッカーが鳴り突然明かりがついた。みんな航太が戻ってきたことを心から喜んでいた。
一人で待合室にいる航太のところに眞子がやってきた。北海道まで迎えに来てくれたことのお礼を言う航太。すると眞子は「帰ってきて欲しかったから」と伝えた。
「もしかして俺のこと好きなんじゃないの？」と茶化して聞く航太に、眞子は好きだと答えた。どう思ってるのかと聞かれた航太は、ついお茶らけて答えてしまう。本心を伝えようとした時、スタッフのみんなが覗いていることに気づいた。
怒った眞子がその場から立ち去ろうとした時、昇が「準備できてます。」と言い出した。「お前ら、行きたかったんだろ？」と海藤は言うと、海診丸は出発した。航太を見ると、手にクルージングのチケットを持っていた。
海診丸はきらびやかな電飾で飾られ、クルージングが始まった。航太はそこで、ようやく自分の思いを伝えることが出来た。
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レビュー（感想）
クリスマスらしい終わり方でしたね。無事に思いが通じて本当によかった。可愛くてお似合いの二人です。
それにしても…まさかお母さんが病気ではなく妊娠だったなんて！これには本当にビックリしました！お母さん４９ですよ？！でもまあ、病気じゃなくて良かったですけどね。
航太先生は最後まで素敵でしたね♪一度も声を荒げることもなく、今回のあの火の中でもとても冷静でした。ああいう人は本当に素敵です！
最後眞子ちゃんと思いが通じたのでそれでもう全てよかったです。
2013年 秋ドラマ（10月スタート）リスト
| 枠 | タイトル | 系列放送局 | |
|---|---|---|---|
| 月 | 9時 | 海の上の診療所 | フジ系列 |
| 火 | 9時 | ミス・パイロット | フジ系列 |
| 10時 | 陰陽屋へようこそ | フジ系列 | |
| 水 | 9時 | 相棒12 | テレ朝系列 |
| 10時 | ダンダリン | 日テレ系列 | |
| 10時 | リーガルハイ | フジ系列 | |
| 木 | 9時 | 夫のカノジョ | TBS系列 |
| 9時 | Docter-X | テレ朝系列 | |
| 10時 | 独身貴族 | フジ系列 | |
| 金 | 10時 | クロコーチ | TBS系列 |
| 土 | 9時 | 東京バンドワゴン | 日テレ系列 |
| 日 | 9時 | 安堂ロイド | TBS系列 |
